Zunehmend wird nun auch der sogenannte endoskopische Ultraschall weiterentwickelt und beim diagnostischen Blick unter die Schleimhäute von Organhöhlen und auf benachbarte Gewebe tiefer gelegener Organstrukturen eingesetzt.
Mit immer kleineren, inzwischen teilweise nur noch bohnengroßen endoskopisch, das heißt über einen Körperhöhlenzugang von außen, z. B. Mund, Nase, Harnröhre oder auch Enddarm, geführten Schallköpfen erschließen sich immer mehr Bereiche des menschlichen Körpers der sonografischen Betrachtung und ggf. der sonografisch gesteuerten Manipulation von innen (z. B. Gewebeentnahme).
Allgemein anerkannte Indikationen sind heute zum Beispiel die Diagnostik krankhafter Veränderungen des Verdauungstraktes und der von dort aus einsehbaren angrenzenden Strukturen. Oft lässt sich mit endoskopisch eingesetzter Schallköpfe anhand der „Elastographie“ schon erkennen, ob es sich bei einer Veränderung der Schleimhautoberfläche, zum Beispiel einer Schwellung, um weiches Gewebe wie etwa bei einer Entzündung handelt. Andererseits stellt sich eine verhärtete Gewebeveränderung, die einem Tumor entsprechen könnte, deutlich anders dar.
Bei dieser Form der Diagnostik geht es auch um das Erkennen und Einteilen eines Entwicklungsprozesses einer oftmals bösartigen Erkrankung des Verdauungstraktes, zu dem auch das Leber-Gallen-System oder die Bauchspeicheldrüse gehört, der Bronchialwege, des Brustkorbes oder auch der ableitenden Harnwege einschließlich der Harnblase. Dabei wird auch die Möglichkeit präziser Punktionen genutzt.
Nahezu nebenwirkungsfreie Kontrastmittel liefern bei diesem Verfahren zusätzliche wichtige Informationen. Ein Beispiel ist die Unterscheidung zwischen chronischer Pankreatitis und einem Pankreas-Karzinom: die Darstellung unterschiedlicher Gefäßzeichnungen durch das eingesetzte Kontrastmittel lässt hierbei zumeist elegant
zwischen beiden Erkrankungen unterscheiden.